При советской власти монастырь был закрыт и практически уничтожен. В 1937 году Спасо-Преображенский собор взорвали ради кирпича, который в итоге использовать не удалось. В настоящее время из оригинальных построек монастыря сохранилась только возведенная в XVI веке Успенская церковь-колокольня.
Восстановление монастыря по федеральной программе «Наследие» запустили в начале 1990-х. Работами руководил житель Вологды Александр Плигин, который вместе с семьей продолжил реставрацию обители, даже когда государственные деньги закончились. В 2004 году Плигин умер от болезни сердца. Его похоронили на острове. С 2010 года в местном храме возобновились богослужения, а в 2017 году монастырь вновь стал действующим.